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外出中は部屋の中を自由にさせています。
うちの猫は外出中に悪戯を一切しません。
逆に私が居る時には、一日中、私の嫌がる悪戯をしています。

食事中や細かい作業中は別の部屋やケージに入れています。
miyuさんと同じく、無駄に叱るのが嫌ですから。
しかし別の部屋やケージ内で、わざと水やトイレをひっくり返したりします。
引き戸に体当たりしたり、マットを食いちぎったり、鳴きまくって大変です。
最近では、無理やりウンチをして気を引こうとしています。毎日です。

うちの猫は超特殊ですから参考にならないかとは思います。
結論は、特に悪戯をしない猫なら自由にさせてあげるのが良いと思います。
危険を排除して、二匹で自由に遊ばせてあげるのが一番良いと思います。
室温や湿度等の変化もあるので、なるべく猫が移動できる環境が望ましいと思います。
もちろん、外出時間や室内の様子が分かりませんので一般論になります。